原作・脚本：庵野秀明／主・キャラクターデザイン：貞本義行／主・メカニックデザイン：山下いくと／総作画監督：本田 雄／作画監督：林 明美・井上俊之／特技監督：増尾昭一／副監督：中山勝一・小松田大全／総演出：鈴木清崇（タツノコプロ）／色彩設定：菊地和子（Wish）／美術監督：加藤 浩（ととにゃん）／CGI監督：鬼塚大輔・小林浩康／撮影監督：福士 享（T2スタジオ）／編集：李 英美／テーマソング：宇多田ヒカル（EMIミュージックジャパン）／音楽：鷺巣詩郎／制作：スタジオカラー／共同配給：ティ・ジョイ・カラー／宣伝：カラー／製作：カラー／監督：摩 砂 雪・前田真宏・鶴巻和哉／総監督：庵野秀明／声の出演：緒方恵美、林原めぐみ、宮村優子、坂本真綾、三石琴乃、山口由里子、石田 彰、立木文彦、清川元夢、長沢美樹、子安武人、優希比呂、麦人、大塚明夫、沢城みゆき、大原さやか、伊瀬茉莉也、勝 杏里　ほか

アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

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